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技术突破 | FFPE样本产出高质量单细胞数据的秘籍

作者:上海伯豪生物技术有限公司 暂无发布时间 (访问量:2044)

FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)样本作为时空档案库与临床转化的引擎,凭借其独特优势(便于长期保存、关联丰富的临床数据、易获取等),已成为生命科学研究与临床转化的核心资源。得益于技术的发展与革新,10x Flex技术作为FFPE样本单细胞转录组研究的科研利器,正持续释放FFPE样本的研究潜能,将“沉睡的样本库”转化为“数据金库”。

Flex技术方案应用于FFPE样本单细胞核RNA测序

针对FFPE样本核分离效率低、RNA降解风险高等技术难点,伯豪自主研发伯优®FFPE样本细胞核分离试剂盒,能够有效制备核膜结构完整、碎片率低的高品质单细胞核悬液。该试剂盒已用于包括脑肿瘤、肝癌、胃癌、肠癌等多种肿瘤类型的FFPE样本,累计1000余例样本的细胞核悬液制备,为FFPE样本单细胞核RNA测序提供了稳定可靠的细胞核分离解决方案。

伯优®FFPE样本细胞核分离试剂盒

 

FFPE样本单细胞核RNA测序实测数据

作为第一批最先引进10x Flex技术的服务商,我们已经积累了丰富的FFPE样本单细胞核RNA测序的项目经验,主要涵盖人的20多种组织类型,1000多例样本。其中多数FFPE样本的单细胞数据实测细胞数可达10000+,中位基因值可达到800+,同时能够全面检测到组织中各种细胞类群。

 

 

FFPE样本单细胞核测序实验方案再升级

优化无止境,不断完善实验方案才能为客户的每一份样本的数据质量护航。我们基于丰富的FFPE样本单细胞核RNA测序的项目经验,近期再次全面优化了FFPE样本抽核的实验方案,进一步提升了单细胞核RNA测序的数据质量。实测数据证明,优化抽核实验方案后的不同组织类型的FFPE样本,单细胞核RNA测序数据的实测细胞数可达10000+,中位基因数可达到1000+,数据质量有了显著提升。

优化实验方案后的实测数据

食管癌FFPE样本单细胞注释

肺癌FFPE样本单细胞注释

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